Asıl adı Şemseddin Muhammed b. Hamza olan zatı muhterem Akşemseddin veya kısaca Akşeyh adıyla tanınmıştır. 1390 yılında Şam’da Şeyh Hamza’nın oğlu olarak dünyaya gelmiştir. Akşemseddi’in soyu Hz. Ebu Bekir’e kadar uzanmaktadır. Yedi yaşlarında babasıyla birlikte Anadolu’ya gelerek o zaman Amasya’ya bağlı olan Kavak ilçesine yerleşmişlerdir. Kur’an’ı ezberleyip kuvvetli bir dinî tahsil gördükten sonra Osmancık Medresesi’nde müderrislik görevine başlamıştır. Akşemseddin’in bu sıralarda iyi bir tıp tahsili yaptığı da anlaşılmaktadır.
Tıp tarihinde ilk defa mikrop meselesini ortaya atmak ve hastalıkların bu yolla bulaştığı fikrini öne sürmekle, bu alanda kesin bilgiler veren Fracastor adlı İtalyan hekimden en az 100 yıl önce bu konuya ilk temas eden tabip (doktor) olduğu kabul edilmektedir. Ki Fatih’in kızını tedavi ettiği buna karşılık Fatihin kızının Beypazarı’ndaki pirinç mezralarını Akşemseddin’e hediye ettiği bilinmektedir. Bu durum iyi bir tıp tahsili aldığının ve bu konuda mahir bir hekim olduğunun en güzel örneğidir.
Müderrislik yaptığı sırada ilim öğrenmenin lezzeti dimağından gitmediği için kendisine bir mürşit (doğru yolu gösteren) aramak için Fars (İran) ve Maveraünnehir’e (orta Asya’da Seyhun ve Ceyhun nehirleri arasında kalan kısım) doğru yola çıkmıştır. Bu yolculuktan umduğunu bulamayınca geri dönmek zorunda kalmıştır. Bazı tavsiyeler üzerine Ankara’da bulunan Hacı Bayram-ı Veli’ye intisap etmeyi düşündüyse de vazgeçti ve şöhreti Anadolu’ya kadar gelmiş olan Zeynüddin el-Hafi’ye talebe olabilmek için Halep’e doğru yola çıkmıştır. Fakat bir gece rüyasında, boynuna takılı bir zincirin Hacı Bayram’ın elinde olduğunu görünce Ankara’ya geri dönerek Hacı Bayram-ı Veli’ye talebe olmuştur. Akşemseddin kısa bir süre içinde Şeyhinin takdirini kazanmış ve şeyhinden icazet (öğrenmeyi başarılı bir şekilde tamamlamak) aldı. Daha sonra şeyhinin yanından ayrılarak Beypazarı’na gidip burada bir mescid ve değirmen inşa ettirerek hizmet etmeye başlamıştır. Burada halkın kendisine büyük bir teveccüh göstermesi üzerine buradan ayrılarak Kösedağ civarındaki Evlek köyüne yerleşmiştir. Burada da yoğun ilgi olunca Göynük’e yerleşmiştir. Gittiği yerlerde mescid ve değirmen yaptırtarak halkın hizmetine sunmuştur. Bu gibi hizmetler o zamanlarda Anadolu’nun imarında önemli yer tutmaktadır. Çocukları ve müritlerinin eğitimi için gayret sarf ederken şeyhi Hacı Bayram-ı Veli’nin vefat etmesiyle onun yerine irşat (doğru yolu gösterme) makamına geçmiştir.
Akşemseddin, şeyhi Hacı Bayram’ın Sultan II. Murat’la münasebetlerinde daima yanında olduğundan II. Murat ile de yakından münasebette bulunmuş olduğundan II. Murat oğlu II. Mehmet’e (Fatih) hocalık yapmasını istemiştir. Fatihin eğitiminden sorumlu olan hocaların başında gelen Akşemseddin II. Mehmet’in Fatih olmasında önemli bir paya sahiptir. Fatih 1453 yılı baharında İstanbul’u muhasara etmek üzere ordusuyla Edirne’den yola çıkınca Akşemseddin ve devrin diğer tanınmış şeyhleri gibi yüzlerce müritleriyle ona katıldılar. Akşemseddin kuşatmanın en sıkıntılı anlarında gerek padişahın gerekse ordunun manevi gücünün yükseltilmesine yardımcı oldu. Akşemseddin’in bu sıkıntılı anlarda zaferin yakın olduğu müjdesini vererek sabredip gayret göstermesi gerektiğine dair Fatih’e yazdığı mektupların fethin kısa zamanda gerçekleşmesinde büyük bir tesiri olduğunu bilinmektedir. Bu sebeple İstanbul’un Fethinin manevi lideri olarak kabul edilir. İstanbul’un fethinden sonra Ayasofya’da kılınan ilk cuma namazında hutbeyi Akşemseddin okumuştur. Ayrıca Emevi İslam ordularının İstanbul’u kuşatmasında hasta olarak sefere Peygamber efendimizin hadisine nail olmak için katılan ve bu kuşatmada şehit düşen Ebu Eyyub el Ensari’nin kabrini de Fatih’in isteği üzerine Akşemseddin bulmuştur. Fatih tarafından kiliseden çevrildikten sonra Fatih medreseleri yapılıncaya kadar medrese olarak kullanılan Zeyrek Camii’nde İstanbul’da bulunduğu yıllarda burada oturduğu ve talebelere ders verdiği bilinmektedir. İstanbul’un fethinden sonra Fatih Sultan Mehmet’in taç ve tahtını terk edip bütünüyle Akşemseddin’e bağlanmak ve ondan ders almak istemesi üzerine Akşemseddin büyük bir dirayet göstererek Fatih’in bu arzusuna engel olmak için Göynük’e geri dönmüştür. Sultan Mehmet Akşemseddin’in gönlünü almak için Göynük’e cami ve tekke yapmak istemiş fakat Akşemseddin kabul etmemiştir. Sadece bir çeşme yapılmasına rıza göstermiştir.
Hayatının son yıllarını Göynük’te geçiren Akşemseddin 1459 yılında 70 yaşında burada vefat etmiştir. Akşemseddin’in türbesi Bolu ilimizin Göynük ilçesinde bulunan Gazi Süleyman Paşa Camiinin avlusunda bulunmaktadır.