Çaka Bey 1081 yılında İzmir Beyliği’ni kuracaktır. İç kesimlerin diğer Türkler tarafından fethedilmesi Çaka Bey’i denizlerde faaliyete yöneltmiştir. Aynı zamanda Türklerin Anadolu'da tutunabilmesi, ekonominin güçlenmesi için ticaret yollarının egemenliğini ele geçirmek ancak güçlü bir donanmayla ve denizlerde üstünlük sağlamakla mümkün olacağını bilmekteydi. Çaka Bey, Anna'nın yazdığına göre ilk gemilerini ünlü bir Rum ustaya yaptırmıştır. Bunun aksine Akdes Nimet Kurat ise bu donanmayı maharetli bir Türk ustaya yaptırdığını yazmaktadır. Her iki ihtimali de kuvvetlidir. Eğer Rum usta yapmış ise bu Çaka’nın hizmetine giren İzmir kalesinden olma olasılığı yüksektir. Öteki taraftan Türklerin çok öncesinden denizlere ulaştığı bilinmektedir. Hatta Bizans hizmetindeki Türklerin mevcudiyetinden de söz etmiştik. Gemi yapımını Türklerde öğrenmiş olabilir ve Çaka Bey donanmayı bir Türk ustaya da yaptırmış olabilir. Başka bir kaynakta Çaka Bey donanmayı gemi yapımından anlayan yerli bir usta bulup ona yaptırmış, İzmir ve çevresinde denizciliğe aşina yerli Türklerden gemi mürettebatı ve asker toplayarak sahillerin fethine başlamıştır. Bu durumda gösteriyor ki Anna'nın olaya biraz duygusal baktığı göstermektedir. Türklerin Çaka Bey’den önce denizcilikte maharetli olduğu gemi yapımı ve deniz savaşlarından anladığı lakin planlı ve teşkilatlı bir yapıya Çaka Bey döneminde ulaştığını bize gösterir. Hatta İznik Sultanı Süleyman Şah İstanbul'un denizden kuşatılmadıkça alınamayacağını bu sebeple donanmaya sahip olunması gerektiğini biliyordu. Donanma yapımı için en uygun yerin Gemlik olduğunun tahlilini yapmış fakat burayı alıp idealini gerçekleştirmeye ömrü yetmemiştir. Onun bu idealini Çaka Bey’inde müttefiki olan ve fetret devrinde devletini idare eden Ebu'l-Kasım gerçekleştirmek için önemli bir adım atacak, Gemlik'in Kios körfezinde donanma yapımına başlayacaktır. Fakat bu girişimi Bizans tarafından inşaat halindeki tersanesinin yakılması ile son bulacaktır. Çaka Bey’in oluşturduğu donanma Ebu'l-Kasım'ın girişimlerinden iki üç yıl önce kurulduğundan Türklerin Anadolu'daki ilk deniz tesisini Çaka Bey oluşturmuştur. Nihayetinde Çaka Bey 40 parçalık bir donanma hazırlayarak Türk tarihine adını altın harflerle yazdıracak macerasına adalar denizi yani Ege’de başlamıştır.
1082 senesi tersanede yeni gemiler yapılırken Türk denizcileri yetiştirilmek üzere onlara hücum, çevirme, inceleme taktikler öğretilmekle geçmişti. 1083 yılının ilkbaharında donanma denize açılmış at sırtında dövüşe dövüşe Bizans sınırına gelen Çaka’nın ve Türklerin artık yeni düşmanı denizler olmuştur. Çaka Bey kendine ve askerlerine antrenman niteliğinde olan Urla kalesini pek zorlanmadan ele geçirmiş ve artık Atabey’in yanında Derya Bey’i de olmuştur. İzmir artık iki kaleli bir site şehri haline gelmiştir.
Bundan sonra donanma iki katına çıkarılmış gemi sayısı doksana yükseltilmiştir. Yeni yapılan 50 geminin 17 kürekli geri kalan 33 gemi ise yelkenli idi. Buna paralel olarak asker sayısı arttırılmış silahları yenilenmiş ve yapılan eğitimde sıklaştırılmıştı. Bu durum Çaka Bey’in büyük bir sefere hazırlandığının göstergesiydi. Bizans ise Çaka Bey’in bu faaliyetlerinden oldukça rahatsız olmuş adalara yardımcı kuvvetler göndermiştir. Diğer taraftan da Peçenek tehdidini biran evvel bitirip henüz etkin bir güç olmayan Çaka Bey’i saf dışı bırakmak istiyordu. Çaka Bey, İzmir'in güvenliğini sağlamak ve kafasındaki ideallerini gerçekleştirmek için Ege’de faaliyetlere başlamıştır. Foça ve Midilli gibi adalar hem stratejik hem de yer altı kaynakları bakımından zengin olan hatta Bizans, Ceneviz ve Venediklileri birbirine düşüren öneme sahip olduğundan 1085-86 da buraları ele geçirmiştir. Midilliye Danişment Bey’in iznini alarak yanına aldığı kardeşi Yalvaç'ı vali tayin etmiştir. Ele geçirdiği yerlerde asker bırakmış oralara iskân politikası uygulamış ve buraları teşkilatlandırarak kendine bağlamıştır. Danişment Beyden izin alma olayına bakılırsa bu durum gösterir ki Çaka Bey’in Danişment Bey tarafından korunup desteklendiği düşünülmektedir. Hatta Süleyman Şah bile Çaka Bey’in faaliyetlerini takdir etmekteydi. Bu durumda Çaka Bey’in faaliyetlerinin Türk önderlerinin de takdirini kazandığını gösterir. Bizans batıda Peçenekler doğuda İznik Sultanlığı ve Midilli’nin kaybı ile denizden de abluka altına alınmıştı. Çaka Bey denizdeki faaliyetlerine 1086 da Sisam'ı alarak sürdürmüştür. Bu başarılı sefer sonucunda İzmir'e dönen Çaka Bey İzmir'de iken Süleyman Şah’ın ölüm haberini almış oldukça üzülmüştür. Neticede önemli bir dostu ve müttefikini kaybetmiştir. Aynı günlerde Midilli’den gelen bir Peçenek askerinden Bizans donanmasının Rodos'dan adalar denizine harekete geçtiğini öğrenmiştir. Çaka Bey vakit kaybetmeden denize açılmış 1087’de Bizans donanması ile Sisam Adası yakınlarında karşılaşmıştır. Bizans donanmasının başındaki Nisa Katomonite'ye ağır bir yenilgi tattıran Çaka Bey bu savaştan sonra aynı yıl içinde Sakız ve Rodos adalarına Türk sancağını dikmiştir. Bu yenilginin ardından Bizans İmparatoru donanmanın başına Kostantin Dalassenos getirmiş ve adalar denizine göndermiştir. Dalassenos, Sakız Adası’nı kuşatmış bunu haber alan Çaka Bey adaya yardım için denize açılmıştır. Çaka Bey’in gelme ihtimalini düşünen Dalassenos onu açıkta karşılamak üzere Opos'u görevlendirmiştir. Çaka Bey karşısında gördüğü Bizans donanmasına karşı bütün gemileri birbirlerine zincirleyerek donanmanın aynı hizada hareket etmesini sağlamıştır. Bunu gören Opos savaşın intihar olacağını düşünmüş ve Sakız Adası’na geri dönmüştür. Çaka Bey, Sakız Adası’na gelerek karaya çıkmış ve Bizanslılarla karada savaşa tutuşmuştur. Bizans’ın zırhlı süvari birliklerine karşı yıldırım Bayezıd'ın 1395 Niğbolu Savaşı’nda kullanacağı süvarilerin atlarının vurularak yaya hale getirilmesi taktiğini uygulamıştır. Ağır zırhlarıyla yaya kalan askerler bozguna uğratılmıştır. Dalassenos barış yapmaya mecbur kalmış ve bir daha Sakız Adası’nda hak iddia etmeyeceklerine söz vermişlerdi. Çaka Bey ihmalkâr davranarak adaya takviye kuvvet bırakmadan geri dönmüştür. Bu haber İstanbul'a gittiğinde küplere binen imparator donanmanın başına İoannes Doukas'ı getirmiştir. Gemlikte Ebu-l-Kasım’ın kurmaya çalıştığı tersaneyi yakan Bizans donanması Dalassenos ile birleşerek Midilliyi kuşatmıştır. Çaka Bey, Midilli’ye yardıma gelmiş üç ay Bizanslılarla amansız bir savaşa tutuşmuştur. Üç ay sonunda Çaka Bey barış teklifi yapmıştır. Mahiyeti ve adadaki diğer Türklerle birlikte adadan ayrılmasına izin verildiği takdirde adayı Bizanslılara vermeyi tahattüt etmiştir. Çaka Bey antlaşmanın yapılmasına rağmen adadan ayrılırken Bizans'ın verdiği sözde durmayacağını sezmişti. Bizans'ta avucuna düşen başlarının belası olan Çaka Bey’i ellerinden kaçırmak istemeyecektir. Çaka Bey öncü bir birlikle adadan ayrılmış geride kalanlarda ayrılmak üzere hazırlık yapmakta idiler. Dalassenos, Doukas'a Çaka’nın böyle çekip gitmesine göz yummamasını söylemiş Doukas da ona bir anlaşma yaptığını ve söz verdiğini belirtmiştir. Bunun üzerine Dalassenos kendisinin bir anlaşma yapmadığını kimseye de söz vermediğini söyleyerek mahiyetine aldığı bir parça donanma ile adadan ayrılan Çaka Bey’in peşine düşmüştür. Doukas, Dalassenos'un bu hareketine karşılık oda mahiyetindeki birliklerle adadan ayrılmak üzere olan Türklere saldırmıştır. Çaka Bey böyle bir hainlikle karşılaşacağını bildiğinden hızlı giden bir gemiye binerek hemen İzmir'e varmıştır. Çaka Bey kendi canını kurtarmış ise de Ege denizinde ele geçirdiği adaları kaybetmiştir. Anna Kommena eserinde Çaka Bey ile ilgili olarak ‘Durup dinlenmek istemeyecek kadar savaşçı ve pek girişken huylu bir adamdı’ diye yazmıştır. Muhtemelen bu sözleri söylemesinde Bizans'ın Çaka Bey’den ne kadar çektiğini ve Bizans'ın aslında sadece yaldızlı bir adının bulunduğunu üç tarafı Türklerle çevrili aciz bir devlet olduğunu sadece ince siyasetle ayakta durduğunu anlatmaya yetmiştir. Anna'nın yazdıkları aynı zamanda Bizans sarayındaki acizliğin en güzel tercümesidir.