Çaka Bey 1090 yılı süresince özenle savaş gemileri, dromanlar (bir tür gemi), tek dizi kürekliler, üç dizi kürekliler ve diğer cinsten hızlı gemilerin inşasına tekrar koyulmuştur. Böyle geniş kapsamlı hazırlık yapmasının sebebi Ege adalarındaki üstünlüğü tekrar ele geçirmek, bunun yanı sıra İstanbul'u Bizans'tan almaktı. Bu işi tek başına yapamayacağının farkına olan Çaka Bey deniz saldırısı için hazırlığını yapmasının yanı sıra üst düzey görevlilerini balkanlarda Bizans'ın korkulu rüyası olan başka bir Türk topluluğu olan Peçeneklerle anlaşmaya göndermiştir. Bu görüşmeler sonucunda 1091 baharında birlikte hareket edip Bizans'a saldıracaklar, bu ikili ittifaka İznik sultanlığını vekâleten yöneten Ebu'l-Kasım da katılmıştır. Bizans ise içine düştüğü bu durumdan biran önce kurtulmanın yollarını ramaktaydı. Tarih boyunca her zaman yaptığı gibi entrikaları ve çok değerli olan Bizans altını sayesinde bu işten de sıyrılacaktır. Alexsias Kommenos 1091 baharından önce hareket ederek Peçeneklere karşı zıt başka bir Türk topluluğu olan Kummanların lideri olan Tokurtok ve Bonyak ile anlaşılmış, bu anlaşmanın yapılmasında Bizans altını da payı oldukça büyüktür. 40 bin kumman askeri ile birleşen Bizans birlikleri bahar gelmeden Tuna'yı geçmiş Bulgar topraklarına inan Peçeneklere karşı ortak bir harekât düzenlemişler. 29 nisan 1091 yılında düzenlenen harekat sonucun da çoluk çocuk demeden Peçenekleri kılıçtan geçirmişlerdir. Çaka Bey bu olayı Peçeneklerle kararlaştırdığı bahar harekatını gerçekleştirmeye giderken denizde öğrenmiş ve bu girişim kısmen son bulmuştur. Önemli bir müttefikini kaybeden Çaka Bey babası Halep de öldürülen ve kendisi Büyük Selçuklu devleti hükümdarı Melikşah'ın yanında esir olarak kalan ve 1092 de Melikşahın ölümü ile Selçuklunun merkezsinde çıkan karışıklıklardan yararlanıp Anadolu'ya gelip İznik Sultanlığının başına geçen I.Kılıç Arslan ile Atabey ve Derya beyi olan Çaka Bey arasında iyi ilişkiler kurulmuştur. Hatta I.Kılıç Arslan Çaka Beyin güzel kızı ile evlenmiş ve bu dostluk akrabalığa dönüşmüştür. Bir Bizans tarih yazarı Çaka Beyin I.Kılıç Arslan'ın kızı ile evlendiğini yazmaktadır. Bu durumun olma ihtimali çok düşüktür. Çünkü Çaka Beyin evli olup bir kızının varlığından söz edilmektedir. Bu sebeple I.Kılıç Arslan'ın Çaka Beyin kızı ile evlenme olasılığı daha yüksektir. Bu konuda birçok kaynak ittifak etmişlerdir. Bu akrabalık ve yeni sultan ile olan yakınlaşma Çaka Beyin hoşuna gitmekteydi. Çünkü Çaka Bey hedefine ulaşmak için Peçeneklerin yerine yeni bir müttefik bulmuştur. Çaka Bey donanması ile zaten yağmadan öteye geçemeyen Egedeki Bizans'ın eline geçen adaları tekrar almış ve 1093-1094 yıllarında Çanakkale boğazına doğru hem denizden hem de karadan ilerlemeye başlamıştır. Önce Edremit'i almış daha sonra Çanakkale'nin gümrük noktası olan Abydos'u kuşatmıştır. Çaka Beyin bu faaliyetleri ticaret gemilerini yolda bırakmış, İstanbul'daki ekonomik düzen bozulmuş, fiyatlar birden beş katına çıkmıştır. Çaka Beyin bu kısa zamanda yaptığı faaliyetler İstanbul'u tekrar sıkıntıya sokmuş bir çıkış yolu arayan imparator her zaman yaptığı gibi dostu dosta kırdırmak için entrikalar çevirmeye başlamıştır. İmparator direk olarak Çaka Beyin karşısına çıkıp savaşmak istememektedir. Çünkü ordusunda ücretli askerlik yapan Türk kökenli kişilerin Türklerle savaşmakta oldukça isteksiz hatta saf değiştirmeye varan vakaların yaşanmasından korkmaktaydı. Bizans bunun en acı örneğini Malazgirt de yaşamıştır. Bizans Çaka Beyin damadı olan aynı zamanda Anadolu'da müttefiki olarak görülen I.Kılıç Arslan'ı Çaka Beye karşı dolduruşa getirmeye çalışıyordu. Aslında I.Kılıç Arslan'da gitgide artan Çaka Beyin ünü ve gücünden çekinmekteydi. Çaka Beyin bu gücünden sadece I.Kılıç Arslan değil Anadolu'daki diğer beylerde çekinmekte veya Bizans altını karşısında Çaka Beye düşmanca tavırlar sergilemekte idiler. Abydos'un kuşatmasında bu tür sorunlar gün yüzüne çıkmaya başlamıştır. Bu entrikaları destekleyen, Annanın eserinde bahsettiği babasının İznik Sultanı I.Kılıç Arslan'a yazdığı mektup da şunlar yazmakta:
''Biliyorsun ki sultanlık sana baba mirası olarak geçmiştir. Oysa senin kayınbaban olan çaka görünüşte Rum devletine karşı silahlanıyor ve kendisine Basileus dedirtiyor ama besbelli ki bir adatmacadır. Aslında öylesine büyük deneyim sahibi bulunan ve son derece bilgili bir kişi olan o kendisini Rumlar üzerinde Basileus'luğa hiç bir hakkının bulunmadığını ve bu kadar büyük bir devletin başına geçmesinin olanaksız olduğunu biliyor. Kurduğu bütün tezgâh sana karşı yönelmiştir. Bu durum karşısında ne sen onu başıboş bırakmalısın ne de cesaretini yitirmelisin. Yapman gereken erk'inden yoksun bırakılmamak için uyanık durmaktır. Bana gelince ben tanrının yardımı ile onu Rum ülkesinin sınırlarından kovarım seni de kendi çıkarın için ülkeni ve egemenliğini uyanıklıkla korumaya ve olabilirse barışçı yollardan o bunu istemezse silahla onu yeniden kendi buyruğuna almaya davet ederim.'' diye yazmıştır.
Evet gerek bu mektup gerekse Anadolu'da kendi otoritesini tek unsur olarak ortaya koymak isteyen I.Kılıç Arslan'ı harekete geçirmişti. Bizans'ın entrikaları yine işe yaramış kardeşi kardeşe kırdırtacaktı.